Ergänzend zum hydrologischen Jahrbuch wird (gemeinsam mit dem Geologisch-Paläontologischen Institut der Universität Basel) ein Bohr- und Grundwasserkataster geführt. In dieser Datenbank werden alle Bohrungen innerhalb des Kantonsgebietes registriert. Sie geben Aufschluss über die Geologie und -falls vorhanden- über den in der Bohrung ermittelten Grundwasserspiegel. So ist es möglich, auch Aussagen über die Höhe und Mächtigkeit des Grundwassers ausserhalb des Bereiches des permanenten Beobachtungsnetzes zu machen.

Solche Bohrungen ins Grundwasser (Sondierungen, Brunnen, Beobachtungsrohre, Erdwärmesonden) müssen durch das AUE bewilligt werden. Für Erdwärmenutzung ist ein technisches Baubegehren erforderlich in dem auch die Angaben zur technischen Anlage enthalten sein müssen (nähere Informationen bei der Fachstelle Energie und dem Bauinspektorat). Zusätzlich zum «Gesuchsformular für Bohrungen ins Grundwasser» ist das Beiblatt «Erdwärmenutzung» auszufüllen. Die ausgefüllten Formulare sind an das Bauinspektorat per Post einzureichen: Bauinspektrorat, Rittergasse 4, 4051 Basel.

Auf der Erdwärmesondenkarte sind die Gebiete ersichtlich, in welchen Erdsonden installiert werden können.

Sie werden nach der geologischen Beurteilung in den Grundwasser- und Bohrkataster aufgenommen. Zur Zeit sind 3840 Bohrstellen (Stand April 2009) erfasst. Davon sind etwa 1832 mit einem Rohr ausgerüstet. Die meisten Bohrstellen sind mit Filterrohren zwischen Durchmesser 10 und 50 cm ausgerüstet. In den Kataster werden die Grundwasserspiegelhöhen, Einbauten, Fördermengen von Nutzungen, und die geologischen Daten wie Bohrprofile und Felskoten aufgenommen.

Die Grunddaten werden im Auftrag des AUE durch das Geologische Paläontologische Institut (GPI) registriert. Ebenso verwaltet das GPI die Vergabe der Katasternummern. Die Detailaufnahmen für die Datenbank, wie Situation, Schnitte, Photos etc. werden durch das AUE aufgenommen.

Online-Zugriff auf den Bohrkataster